החוג מציע שלושה מסלולים - שני מסלולים עבור תואר מוסמך (מסלול מחקרי/לא מחקרי) ומסלול מחקרי עבור תואר דוקטורט. הלימודים בשני מסלולי המוסמך כוללים קורסים, מעבדות וסיורים, כאשר עבור המסלול המחקרי, חלק מרכזי בתכנית הוא ביצוע מחקר עצמאי בתחום מסויים בהנחיית מרצה מהתכנית וסיכומו לעבודת גמר בהידרולוגיה.
מידע נוסף אודות מסלולי התוכנית ניתן למצוא באתר הפקולטה למדעי הטבע.